Het Hendrik Pierson College hoort – samen met het Over Betuwe College – tot de Stichting Christelijk Voortgezet Onderwijs Over- en Midden Betuwe. De directies van de scholen hebben uitgebreide bevoegdheden ten aanzien van het schoolbeleid. De bovenschoolse leiding van het bevoegd gezag wordt gevormd door het College van Bestuur. De Raad van Toezicht is verantwoordelijk voor de benoeming van het College van Bestuur en zorgt voor toetsing van het beleid.
Binnen deze Stichting bestaat het HPC als een zelfstandige school.
De Stichting staat onderwijs voor dat gegeven wordt vanuit een christelijke levensovertuiging. Elke leerling wordt gezien als een uniek mens, met een eigen karakter en met eigen specifieke mogelijkheden. Het bestuur wil alle leerlingen de gelegenheid bieden zich te ontplooien in een opleiding die past bij hun capaciteiten, in een veilig klimaat, waar de eigenheid en de verscheidenheid van de leerlingen tot hun recht komen.